После завершения миссии по запечатыванию мирового зла главные герои возвращаются к обычной жизни. В их додзё появляются новые противники — теневые самураи, которые хотят сразиться с мастером-самураем Ягю Дзюбэй. Однако после предыдущей битвы Дзюбэй теряет способность превращаться в мастера-самурая. Без этой трансформации персонажи не могут одержать победу в предстоящих сражениях. Перед героями возникает серьёзная проблема, требующая решения в ограниченные сроки. У них есть всего один месяц,

Сюжет разворачивается в стране Огня, где в деревне Скрытого Листа возникают две проблемы. Первая связана с исчезновением ниндзя, обладающих уникальными способностями. Местные жители подозревают в этом правительство страны Огня. Вторая проблема заключается в том, что Какаши по приказу Цунаде приносит себя в жертву, чтобы предотвратить войну и защитить деревню. Этот поступок получает одобрение окружающих, но Наруто испытывает разочарование из-за потери своего наставника. У главного героя остаются