Действие разворачивается в альтернативной временной линии, не связанной с предыдущими фильмами серии "Appleseed". Бриареос изначально является киборгом, а не становится им в ходе сюжета. Деунан и Бриареос не разлучаются и не воссоединяются в Олимпе для вступления в ESWAT. События происходят в XXII веке и охватывают ранний период их совместной жизни. Персонажи путешествуют по разрушенному Нью-Йорку в поисках города Олимп. В руинах Деунан и Бриареос нанимаются к местному военачальнику

Империя Нифльхейм ведёт продолжительную войну с королевством Люцис. Вооружённые силы Нифльхейма постепенно вытесняют армию Люциса, несмотря на участие элитного подразделения "Кингсглейв". Бойцы этого отряда служат лично королю Люциса Регису и получают особые способности от древней магии королевского рода. В результате военных действий от королевства остаётся только один город, который защищён магическим барьером, поддерживаемым королём Регисом. Король Регис планирует заключить мирный

Арсен Люпен III, персонаж, известный как выдающийся вор, получает информацию о дневнике, содержащем секретные сведения периода Второй Мировой войны. Документ запечатан с помощью сложного шифра, что затрудняет его расшифровку. Параллельно с этим группа бывших нацистов, сохранивших свою организацию, также стремится завладеть дневником. Они используют доступные ресурсы для достижения этой цели, что создает конфликт интересов. Сюжет строится вокруг попыток Люпена III расшифровать содержимое