Бывший агент ЦРУ Гленн Ариас пережил потерю невесты, родственников и гостей на собственной свадьбе в результате правительственной атаки. После этого он занялся торговлей биологическим оружием и разработал новый тип вируса. Этот вирус создает зомби, способных отличать противников от союзников. В связи с его деятельностью Ариас становится приоритетной целью для розыска Интерполом и ФБР. Для поимки Ариаса в Нью-Йорк направляется правительственный агент Леон Кеннеди. В ходе операции он объединяется

Действие разворачивается в альтернативной временной линии, не связанной с предыдущими фильмами серии "Appleseed". Бриареос изначально является киборгом, а не становится им в ходе сюжета. Деунан и Бриареос не разлучаются и не воссоединяются в Олимпе для вступления в ESWAT. События происходят в XXII веке и охватывают ранний период их совместной жизни. Персонажи путешествуют по разрушенному Нью-Йорку в поисках города Олимп. В руинах Деунан и Бриареос нанимаются к местному военачальнику