Действие разворачивается в альтернативной временной линии, не связанной с предыдущими фильмами серии "Appleseed". Бриареос изначально является киборгом, а не становится им в ходе сюжета. Деунан и Бриареос не разлучаются и не воссоединяются в Олимпе для вступления в ESWAT. События происходят в XXII веке и охватывают ранний период их совместной жизни. Персонажи путешествуют по разрушенному Нью-Йорку в поисках города Олимп. В руинах Деунан и Бриареос нанимаются к местному военачальнику