Мальчик по имени Соскэ находит и забирает к себе золотую рыбку, которую называет Поньо. В процессе ухода за рыбкой Соскэ замечает, что в её присутствии происходят необычные явления. Объяснение этому появляется, когда за Поньо приходит её отец — волшебник, обитающий под водой. Он силой возвращает рыбку в морские глубины. Поньо, находясь в заточении, стремится стать человеком. Это желание приводит к нарушению природного равновесия и вызывает цунами, которое угрожает людям на поверхности.