Школьница Хару постоянно опаздывает на занятия. Однажды она спасает кота, попавшего под колеса грузовика. Кот неожиданно встает на задние лапы и начинает говорить, выражая благодарность. После этого случая Хару замечает странные подарки у своего дома - от живых мышей до внезапно выросшей кошачьей мяты. Выясняется, что спасенный кот является наследным принцем Кошачьего королевства, и ее решили выдать за него замуж. Хару не желает участвовать в этой свадьбе. Она слышит голос, советующий

Мальчик по имени Соскэ находит и забирает к себе золотую рыбку, которую называет Поньо. В процессе ухода за рыбкой Соскэ замечает, что в её присутствии происходят необычные явления. Объяснение этому появляется, когда за Поньо приходит её отец — волшебник, обитающий под водой. Он силой возвращает рыбку в морские глубины. Поньо, находясь в заточении, стремится стать человеком. Это желание приводит к нарушению природного равновесия и вызывает цунами, которое угрожает людям на поверхности.