Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

События фильма разворачиваются после завершения строительства космического подъёмника «Эндимион» в Академия-Сити. Главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс случайно встречают Арису Мэйго, эспера нулевого уровня. «Ассоциация магов» по неизвестным причинам начинает преследовать Арису и атакует Академия-Сити.

Для защиты города от угрозы формируется движение сопротивления под руководством Шатауры Секвенции. Позже главные герои получают информацию от Стэйла Магнуса о том, что Арису могут использовать как инструмент для разжигания конфликта между миром Магии и миром Науки. Это открытие ставит под вопрос дальнейшее развитие событий и цели участвующих сторон.