Некий научный Рейлган S

Микото Мисака, эспер 5-го уровня из Академия-Сити, узнаёт, что её ДНК, взятое в детстве, использовали для создания серии клонов. Эти копии были выращены с целью проведения эксперимента по созданию эспера 6-го уровня. В ходе проекта множество клонов, к которым Микото относилась как к сёстрам, были уничтожены.

Сюжет второго сезона «Рейлгана» сосредоточен на последствиях этого эксперимента. Микото и её подруга Куроко Сираи сталкиваются с рядом испытаний, связанных с попытками остановить дальнейшие жертвы и разобраться в механизмах, стоящих за проектом. Действие разворачивается в Академия-Сити, где технологии и способности эсперов определяют ход событий.