Грисайя: Призрачный курок

События разворачиваются спустя несколько лет после завершения истории "The Fruit of Grisaia". Территория, ранее занимаемая "Академией Михама" — убежищем для молодых девушек, — преобразована в учебное заведение SORD (Special Organization for Research & Development). Эта организация готовит специалистов для нужд национальной обороны. В состав группы входят несколько оперативниц: Рена и Маки специализируются на огнестрельном оружии, Тоха и Гуми — снайперы, Крис отвечает за взрывчатку и обработку данных, а Мурасаки выступает в роли ниндзя, занимаясь разведкой.

Команда берётся за расследования дел, которые оказываются слишком сложными для полиции или Сил самообороны Японии. Участницы неоднократно сталкиваются с опасными миссиями, требующими применения их навыков. Сюжет сосредоточен на истории этих девушек, чья деятельность связана с кровью и порохом, а также на последствиях их работы в условиях реальных боевых операций.