Z/X: Код воссоединения

После продолжительной войны между человечеством и зексами, существами из пяти параллельных миров, устанавливается временное перемирие. В центре сюжета находится болезненная девочка по имени Адзуми Кагамихара и её партнёр — хладнокровный зекс из Голубого Мира по имени Ригель. Перед началом своей основной миссии Адзуми поступает в Академию Фудзимисаки — специальное учебное заведение, созданное для подготовки пар, состоящих из человека и зекса.

После зачисления Адзуми знакомится с другими ученицами, которые также проходят обучение в академии. Вместе они начинают интенсивные тренировки, направленные на развитие навыков взаимодействия между людьми и зексами. Успешное завершение обучения в академии становится ключевым этапом для Адзуми и её партнёра, так как от их способностей зависит судьба миров. Интрига строится вокруг того, смогут ли герои преодолеть трудности подготовки и выполнить возложенную на них миссию.