Действие продолжается спустя шесть месяцев после событий первого сезона. Королевство Клевер восстанавливается после вторжения Эльфов, но перед магическими рыцарями встают новые угрозы. Аста, Юно и их товарищи по Ордену Чёрного Клевера получают новые задания и сталкиваются с противниками, использующими запрещённые техники. Параллельно раскрываются детали происхождения магии дьяволов и связь между главными героями. По мере развития сюжета магические рыцари вступают в конфликт с группой магов,