Сюжет аниме разворачивается в средневековой Японии, в горной деревне народа эмиси. На деревню нападает гигантский вепрь Наго, превращённый ненавистью в демона. Сын вождя Аситака убивает животное, чтобы спасти деревню, но получает ранение в руку, которое передаёт ему проклятие. Согласно традициям племени, Аситаку изгоняют, и он отправляется в путь, чтобы найти исцеление или погибнуть. Во время путешествия Аситака оказывается вовлечённым в конфликт между людьми Железного Города под руководством

Сатоши и его спутники прибывают в город Ларусс. Там они знакомятся с мальчиком по имени Тоои, который четыре года назад пережил психологическую травму и теперь испытывает страх перед покемонами. В это же время Деоксис, восстановившийся после предыдущего боя, начинает атаку на регион Хоэнн. Он создает энергетический барьер вокруг города и похищает людей. На атаку Деоксиса реагирует покемон Рейкваза, обитающий в озоновом слое Земли. Рейкваза спускается с орбиты, чтобы вступить в противоборство с