После Четвертого удара Синдзи, Аска и Рей остаются без своих Евангелионов. Они находят убежище в одном из немногих очагов человечества, сохранившихся на полуразрушенной Земле. Персонажи ведут жизнь, которая существенно отличается от их прошлого опыта в качестве пилотов Евы. Каждый из них сталкивается с бытовыми и психологическими сложностями, пытаясь адаптироваться к новым условиям. Несмотря на временное затишье, угроза для мира сохраняется. Приближается новый Удар, который может стать истинным

Старшеклассница Судзумэ Ивато по пути в школу встречает незнакомого юношу, который интересуется заброшенными местами в округе. Ответив на его вопрос, девушка следует за ним, но теряет из виду. Вместо этого она обнаруживает дверь, расположенную в полуразрушенном здании. Дверь оказывается порталом в другую реальность, где время остановилось. Пространство за порталом представляет собой холмистые луга под вечерним небом. После осмотра Судзумэ направляется в школу, но позднее замечает столб дыма в

Сакута Адзусагава ожидает свою девушку Маи Сакурадзиму в день её выпускного. В этот момент перед ним появляется ученица начальной школы, внешне идентичная Маи в детском возрасте. После появления взрослой Маи девочка бесследно исчезает. На теле Сакуты остаётся таинственный шрам, который указывает на повторное вмешательство «подросткового синдрома» в его жизнь. Появление двойника Маи и оставленный шрам становятся отправной точкой для новых событий. Главный герой сталкивается с необъяснимым

Каэдэ Адзусагава завершает обучение в средней школе и планирует поступление в старшую школу Минегахара, где учится её брат Сакута. Она стремится к обычной школьной жизни, однако её прошлый опыт длительной социальной изоляции и тревожных состояний вызывает опасения. Школьный консультант рекомендует ей рассмотреть вариант онлайн-обучения как более безопасную альтернативу. Несмотря на рекомендации, Каэдэ принимает решение готовиться к вступительным экзаменам в Минегахару. В подготовке ей помогают