В аниме рассматриваются три сюжетные арки. Первая арка - «Призрачная пуля». После инцидента с игрой Sword Art Online технологии виртуальной реальности продолжили развитие. В игре Gun Gale Online появляется игрок, чьи выстрелы в виртуальном мире приводят к смерти реальных людей. Кадзуто Кирито получает запрос от сотрудника министерства внутренних дел Сэйдзиро Кикуоки. Кикуока просит Кирито как опытного пользователя виртуальных миров помочь расследовать эти случаи. Вторая арка - «Калибр». Через