События разворачиваются в 2071 году за несколько дней до Хэллоуина. В столице Марса происходит распространение смертельного вируса. Правительство объявляет награду в триста миллионов вулонгов за поимку ответственных за инцидент. Экипаж космического корабля "Бибоп" включает Спайка Шпигеля, Фэй Валентайн, Джета Блэка, Эдварда Вонг Хау Пепелу Тивруски IV и Эйна. Они планируют найти преступников и получить вознаграждение. Однако на ту же награду претендуют множество других охотников.

Действие разворачивается через два года после событий, описанных в игре «Final Fantasy VII». Мир постепенно восстанавливается после предыдущих катастроф и ищет пути к новому будущему. В этот период появляются новые угрозы: болезнь, получившая название Геостигма, и три загадочных человека, которые разыскивают Дженову. Клауд и его соратники из оригинальной игры вынуждены снова объединить усилия для противодействия возникшей опасности. Сюжет сосредоточен на попытках героев понять природу Геостигмы