Икс: Знамение

События разворачиваются до начала основного телевизионного сериала 2001 года. Главный герой, Какё Кудзуки, является молодым человеком, который по неизвестным причинам прикован к постели и обладает способностью видеть сны. В этих снах он встречает молодую женщину и наблюдает за её жизнью и смертью. Параллельно с этим Кудзуки получает видения о будущем, в котором решается судьба Земли и всего человечества.

Сюжет строится вокруг воспоминаний Кудзуки о событиях, произошедших в мире снов. Он фиксирует ключевые моменты знакомства с женщиной и её последующую гибель. Одновременно с этим раскрываются детали грядущей катастрофы глобального масштаба. Развитие повествования показывает, как личная история персонажа оказывается связана с более масштабными событиями, влияющими на будущее планеты. Интрига заключается в том, как именно эти две сюжетные линии - прошлое женщины и будущее человечества - пересекутся и повлияют друг на друга.