Аркадия моей юности: Бесконечный путь SSX

События разворачиваются после поражения в войне против империи Иллюмидус. Земля полностью перешла под контроль инопланетных захватчиков. Капитан Харлок и его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с планеты. Империя продолжает преследовать их. Харлок, Тотиро и Эмеральда получают кодовые номера S-00999, S-00998 и X-00001 соответственно и находятся в розыске.

Бывшие защитники Земли вынуждены сражаться не только с силами Иллюмидуса. Множество людей, желающих получить вознаграждение за головы преступников, также становятся их противниками. Несмотря на это, Харлок и его команда продолжают свой путь. Им приходится противостоять как инопланетным захватчикам, так и охотникам за наградой.