Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды

На многих планетах галактики население восстало против Механизированной империи. На Земле война длится несколько лет, и люди терпят поражение. Тэцуро Хосино участвует в боевых действиях и испытывает отчаяние из-за безнадежного положения. В этот момент он замечает прибытие Галактического экспресса 999. Вскоре он получает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд.

Тэцуро с боем прорывается на станцию и садится в экспресс. Поезд отправляется в путешествие, которое связано с серией тайн и загадок. Дальнейшие события разворачиваются вокруг перемещений главного героя на этом транспорте и его взаимодействия с загадочной Мэйтел. Истинные цели поездки и природа возникающих загадок остаются неизвестными на начальном этапе повествования.