Дневник будущего: Повторный набор

События разворачиваются через некоторое время после завершения оригинального сериала. Главные герои, известные как хранители дневников, вновь появляются в сюжете. Деус, божественное существо, продолжает испытывать затруднения с выбором нового бога, при этом доступное время для этого решения ограничено.

Юно Гасай из третьего мира начинает воспринимать воспоминания Юно из первого мира. Она испытывает ощущение утраты чего-то важного, но не может определить, что именно потеряно. Это состояние вызывает у неё беспокойство. Возможное восстановление памяти может привести к началу новой игры, завершению текущих событий или иному исходу.