Сержант Кэроро: Кэроро против Тёмного Кэроро — Великая битва за небо!

Группа исследователей, включая Фуюки Хинату и отряд Кэроро, исследует заброшенный храм в горном городе Мачу-Пикчу в Перу. Во время экспедиции Кэроро случайно активирует ловушку, что приводит к обнаружению скрытой камеры. В центре камеры находится большой синий кристалл на подставке с вставленным ключом. Кэроро опирается на ключ, запуская механизм, который вызывает сотрясение храма. Группа покидает помещение, и во время бегства Кэроро теряет свой Керо-шар. Фуюки замечает светящуюся молодую девушку, но покидает комнату, не успев сообщить об этом. Группа успешно выбирается из храма.

Девушка, у которой появляются светящиеся крылья, наблюдает за их уходом. В камере внутри кристалла начинает развиваться нечто. Успех миссии зависит от того, смогут ли Фуюки и его спутники осознать последствия своих действий и справиться с возникшей ситуацией. Дальнейшее развитие событий связано с загадочным кристаллом и его содержимым.