Могила светлячков

События разворачиваются в последние дни Второй Мировой войны. Главный герой, 14-летний Сэйта, и его 4-летняя сестра Сэцуко теряют мать во время американской бомбардировки города Кобэ. Отец детей, служивший в Императорском флоте Японии, также погибает. После гибели родителей сирот принимает к себе тётка, однако она относится к ним плохо. Через некоторое время дети принимают решение убежать из её дома.

Сэйта и Сэцуко поселяются в пещере на берегу реки. Они пытаются выжить в условиях послевоенной разрухи, сталкиваясь с нехваткой еды и другими трудностями. Основной сюжет строится вокруг их попыток адаптироваться к новым условиям жизни и сохранить друг друга. Исход этой истории известен заранее - он обозначен в первых кадрах аниме.