.хак//Корни

Виртуальная MMORPG "The World" была заменена новой версией под названием The World R:2. Новый игрок по имени Хасэо в первый же день сталкивается с враждебностью других пользователей — его персонажа убивают ради развлечения. Спасение приходит от таинственного однорукого игрока по имени Ован, который предлагает показать новичку игровой мир. Вместе с Ованом и его знакомой Шино Хасэо проводит первый год в игре, осваивая её механику и заводя знакомства.

События меняются, когда персонаж Шино оказывается уничтожен игроком по прозвищу Трай-Эдж. Все жертвы этого персонажа впадают в кому в реальном мире. Хасэо решает найти Трай-Эджа и отомстить. Сюжет .hack//Roots разворачивается в течение первого года пребывания Хасэо в The World, показывая его знакомства и отношения до инцидента с Шино.