Щелкунчик Китаро: Гигантский кайдзю

События разворачиваются вокруг группы исследователей, изучающих аномальные зоны в отдаленных регионах. Главный герой, специалист по биологии, получает задание проанализировать необычные образцы, найденные в одной из таких зон. В ходе работы он обнаруживает, что эти образцы обладают свойствами, не поддающимися объяснению с точки зрения современной науки. Исследование приводит его к столкновению с организацией, заинтересованной в сокрытии информации о данных феноменах.

По мере углубления в расследование выясняется, что аномалии связаны с экспериментами, проводившимися десятилетия назад. Герой сталкивается с другими учеными, которые также пытаются раскрыть правду, но сталкиваются с противодействием. Кульминация сюжета происходит, когда исследователи находят источник аномалий - устройство, способное изменять структуру реальности. Финал оставляет открытым вопрос о последствиях использования этой технологии и дальнейшей судьбе персонажей.