Кланнад: Продолжение истории

События второго сезона начинаются сразу после окончания летних каникул, в последнем семестре обучения Томоя в старшей школе. Главный герой, Томоя Окадзаки, признался в любви Нагисе Фурукаве, и пара начинает совместную жизнь. Их отношения развиваются на фоне повседневных школьных дел и подготовки к выпуску.

Параллельно с бытовыми сценами в сюжете появляются проблемы, связанные с состоянием здоровья Нагисы. Персонажи сталкиваются с рядом трудностей, которые проверяют их отношения на прочность. Развитие сюжета строится вокруг того, как герои справляются с возникающими препятствиями и изменениями в их жизни.