АКБ0048: Следующий этап

Правительство вводит более строгие ограничения на несанкционированные мероприятия. Несмотря на это, концерты и музыкальные соревнования продолжают проводиться. Дополнительно объявлено о предстоящих всеобщих выборах среди участниц группы АКБ0048. Вместе с персонажем по имени Нагиса [本宮 凪沙] и другими девушками зрителям предстоит узнать больше о команде 00.

Сюжет затрагивает раскрытие тайн, связанных с командой 00. В процессе повествования объясняется природа кирар — музыкальных частиц света, которыми обладают участницы. Также приоткрываются детали прошлого некоторых персонажей. Развитие событий строится вокруг этих загадок и их постепенного раскрытия.